Am 12.09.1992 wurden im „Haus der Kultur“ 25 Jahre Handball gefeiert. Im Mai 1994 übergab Alfred Weissmann den Förderkreis an Wolfgang Schäftlmaier. Ab der Saison 1994/95 rüstete der VfL auf und steckte sich langfristig höhere Ziele. Neben Stanislav Mares wurde eine Saison später mit Roman Marik ein exzellenter Torhüter verpflichtet. Das erfreuliche Resultat war der Aufstieg in die Verbandsliga. Das Trainerduo Johann Reingruber / Bernhard Büttner war sehr ehrgeizig und mit Martin Lanzendorf wurde ein dritter Tscheche verpflichtet.
Die Saison 1996/97 war eine der erfolgreichsten in der Handballgeschichte des VfL. Die Männer belegten in der Verbandsliga Süd den 2. Platz. Dieser berechtigte in zwei Qualifikationsspielen gegen den TSV Ansbach um den Aufstieg zur Oberliga Bayern zu spielen. In einem dramatischen Heimspiel sicherte sich der VfL mit einem Tor Vorsprung letztlich den Aufstieg.
Aber auch die Jugend konnte erneut großartige Erfolge erzielen. Der eigene Städtepokal wurde international. In den Folgejahren waren die Herren im „Oberhaus“ durchaus erfolgreich. Der Bayerische Handballverband leitete einen Strukturwandel ein. Am 17. Mai 1999 wurde der damalige Kreis Inn/Chiem aufgelöst und neue Bezirke gebildet. Der VfL wurde dem Bezirks Altbayern zugeordnet.
Im Jahr 2000 startete das erste 2-tägige Jugendturnier in Waldkraiburg, zu dem bereits 25 Mannschaften kamen. Die Herren konnten nach dem Abstieg den erneuten Aufstieg in die Oberliga schaffen. Der Städtepokal ging nach Ansbach.